# ******************************************************
# SPARQL Generator for Glycan Search:
# Last update: 2015/12/14
# Query Structure:
# WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1
# ******************************************************

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX glycan: <http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#>
PREFIX wurcs: <http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/wurcs#>
SELECT DISTINCT ?glycan (COUNT (?glycan) AS ?gcount) (STR (?wurcs) AS ?WURCS) 
FROM <http://rdf.glycosmos.org/glycans/wurcsrdf>
FROM NAMED <http://rdf.glycosmos.org/glycans/wurcsrdf>
WHERE {
  ?glycan glycan:has_glycosequence ?gseq .
  ?gseq wurcs:count_RES ?rescount .
  ?gseq wurcs:count_uniqueRES ?urescount .
  ?gseq wurcs:count_LIN ?lincount .
  ?gseq glycan:has_sequence ?wurcs .

  # GLIN1

  ## GRES1
  ?gseq wurcs:has_GRES ?GRES1 .
  ?GRES1 wurcs:is_monosaccharide ?MS1 .
  GRAPH <http://rdf.glycosmos.org/glycans/wurcsrdf> {
    <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/Monosaccharide/a2122h-1b_1-5_2%2ANCC%2F3%3DO> wurcs:subsumes ?MS1 .
  }
  ?GRES1 wurcs:is_acceptor_of ?GLIN1 .

  ?GLIN1 wurcs:has_donor_position 1 .
  ?GLIN1 wurcs:has_acceptor_position 4 .

  ## GRES2
  ?gseq wurcs:has_GRES ?GRES2 .
  ?GRES2 wurcs:is_monosaccharide ?MS1 .
  FILTER ( ?GRES2 != ?GRES1 )

  ?GRES2 wurcs:is_donor_of ?GLIN1 .


  # GLIN2
  ?GRES2 wurcs:is_acceptor_of ?GLIN2 .

  ?GLIN2 wurcs:has_donor_position 1 .
  ?GLIN2 wurcs:has_acceptor_position 4 .

  ## GRES3
  ?gseq wurcs:has_GRES ?GRES3 .
  ?GRES3 wurcs:is_monosaccharide ?MS2 .
  GRAPH <http://rdf.glycosmos.org/glycans/wurcsrdf> {
    <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/Monosaccharide/a1122h-1b_1-5> wurcs:subsumes ?MS2 .
  }
  FILTER ( ?GRES3 != ?GRES1 && ?GRES3 != ?GRES2 )

  ?GRES3 wurcs:is_donor_of ?GLIN2 .


  # GLIN3
  ?GRES3 wurcs:is_acceptor_of ?GLIN3 .

  ?GLIN3 wurcs:has_donor_position 1 .
  ?GLIN3 wurcs:has_acceptor_position 3 .

  ## GRES4
  ?gseq wurcs:has_GRES ?GRES4 .
  ?GRES4 wurcs:is_monosaccharide ?MS3 .
  GRAPH <http://rdf.glycosmos.org/glycans/wurcsrdf> {
    <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/Monosaccharide/a1122h-1a_1-5> wurcs:subsumes ?MS3 .
  }
  FILTER ( ?GRES4 != ?GRES1 && ?GRES4 != ?GRES2 && ?GRES4 != ?GRES3 )

  ?GRES4 wurcs:is_donor_of ?GLIN3 .


  # GLIN4
  ?GRES3 wurcs:is_acceptor_of ?GLIN4 .

  ?GLIN4 wurcs:has_donor_position 1 .
  ?GLIN4 wurcs:has_acceptor_position 6 .

  ## GRES5
  ?gseq wurcs:has_GRES ?GRES5 .
  ?GRES5 wurcs:is_monosaccharide ?MS3 .
  FILTER ( ?GRES5 != ?GRES1 && ?GRES5 != ?GRES2 && ?GRES5 != ?GRES3 && ?GRES5 != ?GRES4 )

  ?GRES5 wurcs:is_donor_of ?GLIN4 .


  # MAP

  ?GLIN1 wurcs:has_MAP ""^^xsd:string .
  ?GLIN2 wurcs:has_MAP ""^^xsd:string .
  ?GLIN3 wurcs:has_MAP ""^^xsd:string .
  ?GLIN4 wurcs:has_MAP ""^^xsd:string .
}
ORDER BY ?rescount ?urescount ?lincount ?glycan desc (?gcount)